Za początek Reformacji uważa się 31.10.1517 r., kiedy to augustiański mnich Marcin Luter przybił na drzwiach kościoła zamkowego w Wittenberdze „95 tez”, w których wystąpił nie przeciw Kościołowi Powszechnemu a przeciw wprowadzonemu zwyczajowi kupowania czystego sumienia za pieniądze. Swoje przekonania religijne ukształtował ks. dr Marcin Luter w warunkach praktykowania ostrych reguł zakonnych i głębokich studiów biblijnych. Do alienacji Marcina Lutra doszło po szeregu ostrych dysput z różnymi przedstawicielami Kościoła Rzymskokatolickiego i postawienia zarzutu głoszenia herezji, podobnej do jego poprzedników (m. in. Jana Husa). Za jedyny argument Kościoła dr Marcin Luter uznał Pismo Święte i przyjęcie naczelnej zasady, iż każdy jest zbawiony z łaski przez wiarę. Ośrodkiem nowej nauki stał się uniwersytet w Wittenberdze. Dzięki tej uczelni a także licznym już drukowanym pismom zwłaszcza Marcina Lutra, nowa nauka zyskiwała coraz większą liczbę zwolenników we wszystkich stanach Rzeszy, zwłaszcza wśród mieszczaństwa. W 1530 r. doszło do zwołania sejmu Rzeszy w Augsburgu, na którym zwolennicy nauk Marcina Lutra przedłożyli zasady wiary zwane Konfesją Augsburską. Poważnym osiągnięciem Marcina Lutra było przetłumaczenie całej Biblii na język niemiecki i wydanie jej drukiem w 1534 r. Ostateczne uznanie Kościoła Ewangelicko – Augsburskiego nastąpiło dopiero na kolejnym sejmie Rzeszy w Augsburgu w 1555 r., na którym także przyjęta została zasada „czyje panowanie tego wyznanie”. Decydentami o losie Kościoła i wiernych stali się władcy poszczególnych Krajów Cesarstwa Niemieckiego.

Wiadomości o nauce Marcina Lutra dotarły również poza Niemcy, do krajów sąsiednich, także na Śląsk, wówczas podporządkowany królowi Czech. Już tylko w trzech księstwach: legnicko – brzeskim, opolskim i cieszyńskim władzę wasala sprawowali książęta piastowscy. Decydujące było stanowisko największego miasta śląskiego - Wrocławia. Wystąpienia pierwszych głosicieli nauki Marcina Lutra spotkały się z życzliwym przyjęciem. Za przykładem Wrocławia poszły inne miasta i księstwa. Kiedy i kto przyniósł do Cieszyna wieść o nowym prądzie religijnym, nie wiemy. Najprawdopodobniej stało się to jeszcze za życia księcia Kazimierza II (+ 1528). Musiał to być ktoś z otoczenia księcia, gdyż stary książę z urzędu miał bardzo bliskie kontakty zarówno z Wrocławiem jak i Krakowem, gdzie nauki Lutra były znane nie tylko na Uniwersytecie i gdzie także odbył się słynny hołd pruski (1525), ściśle związany z sekularyzacją Państwa Krzyżackiego i jego przejściem na luteranizm. Nowa religia w księstwie cieszyńskim niewątpliwie rozszerzała się wśród mieszczan i chłopstwa za przyzwoleniem regentki – księżnej wdowy po Wacławie II – Anny z Ansbach oraz opiekuna małoletniego księcia Wacława III – możnowładcy morawskiego Jana z Pernsteinu a także otwartej na „nowinki religijne” szlachty. Gdy w 1545 r. młody książę Wacław III objął formalne rządy, jego poddani w znacznej części byli luteranami. Prawie wszystkie kościoły były już w ręku ewangelików; wierni tradycji Kościoła Katolickiego duchowni i mnisi z klasztorów, nie znajdując oparcia wśród dotychczasowych parafian, opuścili swoje placówki. Proces przechodzenia do nowego organizującego się Kościoła odbył się na Śląsku Cieszyńskim bez większych scysji. Jednym z wielu czynników dość powszechnego przyjęcia „taniej religii” było wprowadzenie do kościołów Reformacji języków narodowych, udostępnienie Biblii, postylli, śpiewników najpierw czeskich, a potem polskich. Przyszłość miała okazać, jak ważną rolę odegrały te właśnie polskie księgi nabożne. W 1568 r. Wacław III wydał „Porządek kościelny”, regulujący życie kościelne wg zasad Wyznania Augsburskiego. Jego syn – Adam Wacław okazał się władcą mniej tolerancyjnym i stałym w przekonaniach religijnych; najpierw nie znosił w księstwie innego wyznania niż ewangelickie a potem w 1609 r. przeszedł do Kościoła Rzymskokatolickiego. Był to pierwszy sygnał ostrzegawczy dla Reformacji. Ogromne straty w majątku, ludziach i w poszanowaniu dla jakiejkolwiek religii przyniosła wojna 30 – letnia (1618 – 1648). Jej zakończenie zbiegło się z wymarciem Piastów cieszyńskich; ostatnią księżną była Elżbieta Lukrecja (+ 1653), która pod naciskiem cesarza wydała w 1629 r. statut religijny, pozbawiający innowierców wszelkich praw. Pełna egzekucja statutu nastąpiła z chwilą przejęcia Księstwa Cieszyńskiego przez cesarza Ferdynanda III. Już w 1654 r. pozbawiono ewangelików wszystkich świątyń. Zakazane zostały także nabożeństwa w prywatnych kaplicach szlachty; wierni przyłapani na nabożeństwie domowym byli karani, pozbawiani ksiąg heretyckich i przymuszani do porzucenia swojego wyznania. Wiele mieszkańców opuściło swoje domostwa, uciekając przed represjami wyznaniowymi poza granice księstwa. Pozostali z wielkim ryzykiem udawali się na potajemne nabożeństwa do lasu – do tzw. leśnych świątyń „przy kamieniu”. Odmianę losu przyniósł dopiero XVIII w. W wykonaniu żądania króla szwedzkiego Karola XII, po kilkumiesięcznych pertraktacjach, cesarz Józef I zgodził się na wybudowanie na Śląsku sześciu nowych świątyń ewangelickich, zwanych „kościołami łaski”. Do budowy jednego z nich przystąpiono poza murami miasta „nad Cieszynem” w 1709 r. Był to jedyny kościół na Górnym Śląsku. Ewangelicy mogli mieć własny kościół i szkołę, ale w dalszym ciągu byli pozbawieni swobód religijnych i obywatelskich. Toteż, gdy doszło do konfliktu pomiędzy Prusami i Austrią i rozerwania Śląska w 1742, wielu ewangelików osiedliło się za pruską granicą. Patent tolerancyjny ogłoszony w 1781 r. zezwolił jedynie na wybudowanie nowych domów modlitwy (obiektów nie przypominających świątyni) i szkół tam, gdzie mieszkało 100 rodzin ewangelickich. Dla tych nowych zborów kościół cieszyński stał się „kościołem matką”. Dopiero patent protestancki z 1861 r. zrównał w prawach wszystkich innowierców, ale też począwszy od Wiosny Ludów (1848) stopniowo, coraz ostrzej zaczęły się rysować kwestie poczucia narodowego. Miejscowa ludność, zwłaszcza wiejska, doczekała wyrosłych z własnych szeregów duchownych, którzy wraz z nauczycielstwem podjęli szeroką działalność narodową nie tylko w kościele i w szkole, ale w licznych stowarzyszeniach. Obok ponadwyznaniowej Czytelni Ludowej, najważniejszym z nich dla ewangelików było Towarzystwo Ewangelickie Oświaty Ludowej, założone w 1881 r. Przodującą rolę w ruchu odrodzenia narodowego odegrał Paweł Stalmach (1824 - 1891), po nim – wśród ewangelików - ks. Franciszek Michejda (1848 - 1921), a w szkolnictwie Jan Śliwka (1823 - 1874). Rychło doszło do poważnych animozji pomiędzy duchowieństwem reprezentującym oficjalną „państwową” opcję niemiecką i „ludową” – polską. Obóz polskich ewangelików wbrew szerzonej propagandzie zdołał porozumieć się z polskimi działaczami katolickimi i wprowadzić swoich przedstawicieli do Sejmu Śląskiego i Parlamentu Wiedeńskiego. Przez wiele lat godność posłów z ramienia ewangelików pełnili Jerzy Cienciała (1834 - 1913), zwany „królem polskim”, a później dr Jan Michejda (1853 - 1927). Postawienie spraw narodowych nad różnice wyznaniowe pozwoliło w efekcie na utworzenie w październiku 1918 r. polskiej Rady Narodowej Księstwa Cieszyńskiego, pierwszej polskiej lokalnej władzy po zakończeniu I wojny światowej. Nie czekając na rozwój wypadków politycznych, ks. Franciszek Michejda doprowadził do podporządkowania Kościoła Ewangelickiego na Śląsku Cieszyńskim Konsystorzowi Kościoła Ewangelickiego w Polsce już w grudniu 1918 r. W wyniku decyzji Konferencji Pokojowej w Paryżu doszło do podziału Śląska Cieszyńskiego pomiędzy Czechosłowację i Polskę (lipiec 1920 r.). Spowodowało to rozerwanie jedności Kościoła Ewangelickiego po obu stronach Olzy. W części zaolziańskiej niebawem doszło do rozłamu: Niemcy, nie mogąc narzucić większości polskiej swojej dominacji, utworzyli własny zbór; Polacy, po pokonaniu wielu przeszkód utworzyli autonomiczny Śląski Kościół Ewangelicki Augsburskiego Wyznania. Rozłam ten miał z chwilą wybuchu II wojny światowej smutne następstwa. Za sprawą przedstawiciela Kościoła niemieckiego, wszyscy polscy duchowni i wielu działaczy narodowych po obu stronach Olzy znalazło się w hitlerowskich obozach koncentracyjnych. Śląsk Cieszyński, w czasie wojny w całości włączony do granic rzeszy hitlerowskiej, został ogołocony z elementu przywódczego; w kościołach wprowadzono wyłącznie język niemiecki. Po wyzwoleniu Śląska Cieszyńskiego w maju 1945 r. przywrócono granice sprzed 1938 r. a ocalałe duchowieństwo ewangelickie starało się obsadzić opuszczone parafie po obu stronach Olzy i na nowo zorganizować życie zborowe. Szczególnie trudne okazało się to po zachodniej stronie Olzy, wobec zaborczej postawy Kościoła Czeskobraterskiego, a zwłaszcza coraz bardziej narastającego zniewolenia religijnego ze strony reżimu komunistycznego. Po obu wojnach światowych i okresie „szczęśliwości komunistycznej”, Kościół Ewangelicki wyszedł znacznie osłabiony, na Zaolziu utracił charakter narodowy. Dzięki determinacji wiernych po polskiej stronie, ale także lżejszym warunkom ustrojowym, udało się utrzymać życie zborowe, jednak nie bez wyrzeczeń i zaborów mienia. 

Stopniowy rozkład ustroju komunistycznego pozwolił na poszerzenie działalności kościelnej, charytatywnej i kulturalnej, zarówno wewnątrz zboru, a także poprzez działające w Cieszynie - reaktywowane Towarzystwo Ewangelickie jak i oddział Polskiego Towarzystwa Ewangelickiego. Charakterystyczną cechą regionu jest wzajemne poszanowanie i tolerancja jego mieszkańców dla inaczej wierzących, na wielu odcinkach widoczna jest bliska współpraca. Dla wszystkich jej mieszkańców, którzy mieszkają tu z dziada pradziada, zbyt wysoką była cena, jaką musieli świadczyć, by móc żyć w pokoju.